México padece de un complejo fenómeno de desplazamiento interno forzado desde la década de los setenta, ocasionado fundamentalmente por intolerancia religiosa (entre católicos y minorías de indígenas protestantes), conflictos comunales, así como disputas por tierras y recursos naturales en algunos estados como Nayarit, Hidalgo, Oaxaca, Guerrero y Chiapas, entre otros. En los años noventa, estos problemas se combinaron con la creciente inseguridad y conflictos en los que intervinieron el ejército mexicano y las policías locales desplazando a miles de personas. En particular, en 1994, el conflicto Zapatista en Chiapas originó un des-plazamiento sin precedentes en el país y se estima que al día de hoy, más de 30 mil personas se encuentran en condición de desplazamiento interno forzado prolongado en esta entidad.

El diagnóstico sobre la situación de los Derechos Humanos en México, elaborado por la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas (OACNUDH) en 2004, menciona que las cifras generales estimadas para ese año, a pesar de la ausencia de una estadística oficial, varían entre los 3 mil y 60 mil desplazados, citando como causas los “conflictos relacionados con prácticas religiosas, conflictos por tierras entre los que se cuentan las invasiones ilegales, tráfico de drogas, desalojos forzados por parte de autoridades gubernamentales o grupos armados irregulares y que migran dentro del territorio mexicano” Ante esta situación, el gobierno incluyó la problemática del desplazamiento interno en el Programa Nacional de Derechos Humanos 2004-2008.